Pracoviště, na jejichž základě bylo vytvořeno Regionální centrum pokročilých technologií a materiálů, mají dlouhou a bohatou tradici ve spolupráci s průmyslem i státními organizacemi na poli aplikovaného a zakázkového výzkumu. Patři v tomto směru mezi vysoce nadprůměrná pracoviště na Přírodovědecké fakultě UP v Olomouci. Historicky byly aktivity na poli smluvního výzkumu orientovány zejména na významné podniky olomouckého regionu jako jsou Meopta-optika, s.r.o., (Přerov), Farmak, a.s., (Olomouc) nebo Precheza, a.s., (Přerov). V posledních letech ale rychle narůstá i počet smluvních partnerů z kategorie malých a středních podniků. Nezanedbatelné jsou také zakázky od státních nebo veřejných institucí. Spolupráce se zahraničními subjekty byla doposud orientována zejména na akademickou sféru a přestože minoritní objemem, představuje významnou a prestižní část smluvního výzkumu (spolupráce na Observatoři Pierra Augera, Malargue, Argentina nebo dodávka Mössbauerovských spektrometrů).
Oborově sahala působnost pracovišť centra na poli smluvního výzkumu od chemických analytických služeb, přes mikroskopické analýzy a charakterizaci fyzikálně-chemických vlastností materiálů až po rozsáhlou spolupráci na poli medicíny, sanace podzemních vod nebo aplikované optiky. Samostatnou kapitolu pak představuje návrh a stavba originálních fyzikálních a chemických měřících systémů.
Smluvní výzkum byl realizován řadou forem: Od spolupráce v rámci společných výzkumných projektů (např. v rámci programů výzkumných center 1M nebo KAN MŠMT ČR), přes přímé zakázky na výzkum či dodávku experimentálních zařízení až po drobné analytické práce nebo služby s využitím přístrojové infrastruktury.
V letech 2004-2008 přesáhl celkový objem všech forem smluvního výzkumu na pracovištích tvořících RCPTM hodnotu 33 mil. Kč.